吉布提位于非洲东北部亚丁湾西岸，扼红海进入印度洋的要冲，东南与 索马里接壤，西南、西部毗邻埃塞俄比亚。西北毗邻厄立特里亚。海岸线全长372公里。面积23200平方公里。有“地质学上的活标本”之称。境内地形复杂，有高耸的火山，深陷的湖泊，大部地区为海拔不高的火山高原，沙漠与火山占全国面积的90％，间有低洼平原和湖泊。

南部地区多为高原山地，一般海拔在500～800米之间。东非大裂谷经过中部，裂谷带北端的阿萨尔湖湖面低于海平面150米，为非洲大陆的最低点。北部穆萨?阿里山海拔2010米，为全国最高点。境内无固定河流，只有季节性的小溪流。

吉布提主要属热带沙漠气候，内地属热带草原气候，终年炎热少雨。每年有60～80天气温在40℃以上，湿度高。5～9月为热季，平均气温在35℃以上，最高气温可达46℃；10月至次年4月为凉季，平均气温25℃以上。年平均降水量在150毫米以下。