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港口和铁路运输在国民经济中占重要地位。吉布提港是东非重要港口之一，现有15个泊位，其中13个为深水泊位，包括１个20万吨输油码头（3个泊位）和１个集装箱码头（2个泊位）。其航运、停泊和装卸条件完全符合国际标准，可停靠3百米长、4万吨级的货轮或14万吨的油轮以及其它各类船舶。大多数码头有淡水和燃料补给设备。2001年吞吐量412.9万吨，比2000年增长5％，其中转运埃塞俄比亚货物达196万吨，占年吞吐量的47.5%。2002年，吉政府加快港口扩建工程，拟投资4亿美元新建集装箱码头、输油码头和工贸免税区，发展前景看好。

吉布提与埃塞俄比亚首都亚的斯亚贝巴有铁路相通，全长781公里，吉境内长约106公里。2001年铁路货运量为17.03万吨，比2000年减少了19.6%。全国有公路3067公里，其中沥青路415公里。截至2001年底共有货车101570辆，比2000年增加了5.3%。2001年通过公路运往埃塞俄比亚的货物达294万吨。

吉布提国际机场可起降大型客、货机，是前往法国及乌干达等非洲内陆国家的中转站。在吉经营的航空公司有法国航空公司、埃塞俄比亚航空公司、肯尼亚地区航空公司、也门航空公司和索马里达洛航空公司等，吉布提航空公司飞行10条国际航线。2001年由机场入出境旅客为93165人，比2000年下降10.5%，起降飞机5492架次，比2000年下降11.2%。